Nello svolgimento delle proprie attività Indire ha sviluppato rapporti di collaborazione con numerose istituzioni e realtà nazionali ed internazionali:
40 Istituti di documentazione e ricerca internazionali
Accademia della Crusca (Firenze, Italia)
Archivio centrale di stato (Roma, Italia)
Biblioteca dell'Istituto Italiano di cultura di Madrid (Madrid, Spagna)
Centro di Ateneo per l’Orientamento, la Formazione e la Teledidattica dell’Università degli Studi di Napoli Federico II (Naples, Italy)
Centro internacional de cultura escolar (CEINCE) (Berlanga del Duero, Spagna)
Cité de l’espace (Toulouse, France)
CNDP (Paris, France)
CTIE (Berna, Switzerland)
Deutsches Museum (Munich, Germany)
ECSITE Execuive Office (Brussels, Belgium)
Ellinogermaniki Agogi (Athens, Greece)
Ecsite (Brussels, Belgium)
Education Group GmbH (EDUGP) (Linz, Austria)
Eureka Die-‘s-lekti-kus (Kessel, Belgium)
European Schoolnet (Brussels, Belgium)
Experimentarium (Copenhagen, Denmark)
Exploradòme (Paris, France)
Fondation IDIS - Città della Scienza onlus (Naples, Italy)
Fondazione per la Scuola (Torino, Italy)
Fondazione Tancredi di Barolo - Museo della Scuola e del Libro per l'infanzia (MUSLI) (Torino, Italia)
Gabinetto Scientifico Letterario G.P. Vieusseux (Firenze, Italia)
Heureka (Vantaa, Finland)
ICOM (International Council of Museums) (Paris, France)
Istituto e Museo di Storia della Scienza (Florence, Italy)
ITC (Vilnius, Lithuania)
King’s College (London, UK)
Laboratorio di Strategie della Comunicazione, Università degli Studi di Firenze (Florence, Italy)
MAKASH - Advancing CMC Applications in Education, Culture and Science (Zur Hadasah - Doar Haela, Israel)
Museo nazionale del risorgimento (Roma, Italia)
Nemo (Amsterdam, The Netherlands)
OECD - Organisation for Economic Co-operation and Development (Education)
Pavillion of Knowledge (Lisbon, Portugal)
Scuola Democratica
Technopolis (Mechelen, Belgium)
Tiger Leap Foundation (Tallinn, Estonia)
The Bloomfield Science Museum Jerusalem (Jerusalem, Israel)
The National Marine Acquarium (Plymouth, UK)
UNI-C (Copenhagen, Danmark)
Universeum (Gotheburg, Sweden)
Universidad de Alcalà
19 Università Italiane
Italian University Line (IUL)
Politecnico di Torino
Università Bicocca di Milano
Università Cattolica di Milano
Università degli Studi di Lecce
Università degli Studi di Firenze
Università degli Studi di Salerno
Università degli Studi di Sassari
Università di Bologna
Università di Genova
Università di Macerata
Università di Padova
Università di Palermo
Università di Pisa
Università di Roma 1
Università di Roma 3
Università di Torino
Università di Urbino
Università di Venezia
8 Associazioni nazionali professionali
AIMC (Associazione Italiana Maestri Cattolici)
ANAI (Associazione Nazionale Archivisti Italiani)
ANP (Associazione nazionale dei dirigenti e delle alte professionalità della scuola)
CIDI (Centro di Iniziativa Democratica degli Insegnanti)
DIESSE (Didattica e Innovazione Scolastica)
FNISM (Federazione Nazionale Insegnanti)
MCE (Movimento di cooperazione educativa)
UCIIM (Unione Cattolica Italiana Insegnanti Medi)
34 Associazioni nazionali disciplinari
ADEF (Ass. Docenti di Educazione Fisica)
ADI/SD (Ass. degli Italianisti Italiani Sezione Didattica)
ADILT (Ass. Docenti Italiani Lingua Tedesca)
ADR (Ass. Docente Religione)
AEEE (Ass. Europea per l'Educazione Economica)
AIC (Ass. Insegnanti Chimici)
AICC (Ass. Italiana di Cultura Classica)
AIF (Ass. per l'insegnamento della Fisica)
AISPI - SCUOLA
ANIAT (Ass. Naz. Insegnanti area tecnologica)
ANILS (Ass. Naz. Linguestraniere)
ANIR (Ass. Naz. Insegnanti Religione)
ANISA (Ass. Naz. Insegnanti Storia dell'Arte)
ANISN (Ass. Naz. Insegnanti Scienze Naturali)
ATHENA (Forum per la filosofia)
CLIO '92 (Ass. Insegnanti e Ricercatori per la didattica della storia)